L'électrophorèse sur couche mince d'agarose donne une meilleure résolution que sur support classique (acétate de cellulose). La migration se fait en tampon alcalin de faible molarité pour diminuer l'effet Joule. La quantité d'échantillon à déposer est fonction du colorant utilisé, moindre pour le noir amide que pour le rouge ponceau .