Les cytokines produites par les lymphocytes CD4+ activés qui envahissent la muqueuse activent directement d'autres cellules (macrophages, lymphocytes B) ou induisent, de manière indirecte, le recrutementd'autres lymphocytes, de polynucléaires et de macrophages en modifiant les signaux d'adressage des vaisseaux intestinaux. Les cellules TH1 semblent plutôt impliquées dans la maladie de Crohn et la formation d'infiltrats cellulaires profonds. Les cellules TH2 seraient plutôt responsables de l'infiltration plus superficielle de la RCH.