Les pathologies non infectieuses de diagnostic différentiel avec les MICI sont les diverticuloses et la colite ischémique. Des manifestations cliniques similaires surviennent aussi comme effets secondaires d'une radiothérapie. Les ulcères rectaux sont des pathologies rares à évoquer. Enfin, certains médicaments antiinflammatoires et certains suppositoires peuvent être à l'origine de manifestations pathologiques intestinales ou rectales qui se résolvent avec l'abstention thérapeutique.