La malabsorption intestinale peut causer une hypoalbuminémie, des carences en calcium et en magnésium, des altérations de la coagulation ou encore une hyperoxalurie pouvant conduire à une lithiase rénale. L'utilisation de corticoïdes associée à un défaut d'absorption de la vitamine D et du calcium peut conduire à des fractures vertébrales. Les lésions du grêle peuvent induire un déficit en niacine et le développement d'une pellagre. Enfin, un défaut d'absorption de la vitamine B12 peut conduire à une anémie mégaloblastique.